Die Rupert Museum is ’n puik voorbeeld van inheemse argitektuur in die tradisionele styl van die ‘Bolandse plaasargitektuur’. Die koel ruimtelikheid en die eenvoud van die skoon, witgekalkte mure en imposante houtdeure gee inderdaad byna die indruk van ’n Kaapse wynkelder in plaas van ’n kunsmuseum vol kosbare werke.

In plaas van die tradisionele rietdak, so tipies van Kaaps-Hollandse argitektuur van die 17de en 18de eeu, het die museum ’n hoë sinkdak aangesien dit baie minder vatbaar is vir brand as die tradisionele rietdak.

Die Suid-Afrikaanse skilderye en beelde word oor twee sale versprei en word vertoon volgens die visuele harmonie tussen die werke. Die museumdirekteur, Deon Herselman, toon aan dat dit in ooreenstemming is met Huberte Rupert se wens dat kunswerke nie volgens ’n streng akademiese volgorde van chronologiese of stilistiese ontwikkeling vertoon moet word nie.

Huberte Rupert het egter ingestem tot verskeie bewarings- en omgewingskwessies. In plaas van vars lug en direkte sonlig, soos in ’n huis, is klimaatbeheer geïnstalleer om temperatuur teen ’n konstante vlak van 21°C te hou en humiditeit teen 55 RH. Om die skadelike gevolge van lig te minimaliseer, bevat die spreiligte in die vertoonsale variërende grade van lae-volt gloeilampe wat verhelder tot ’n voorafbepaalde intensiteit, slegs in die teenwoordigheid van besoekers. Wanneer geen beweging opgetel word nie, met ander woorde wanneer besoekers ’n vertoonarea verlaat het, verdof die beligting onmiddellik.

Nogtans word kontak met die buitewêreld gehandhaaf deur middel van groot ovaal vensters wat hoog in die mure van die museum ingesit is. Die ronde, skuinskantige dakligte laat kalm, gedempte lig by die museum invloei terwyl besoekers steeds ’n blik op die blou Stellenbosch lug en die blare van eeue-oue eike buite kan kry.